历史研究所的前身是1960年成立的黑龙江省哲学社会研究所的第三室，1979年省社科院建院时，改建为历史研究所。现在，历史所已由设立之初单一的中俄关系史研究，发展为以中俄关系史、东北近现代史、渤海国史、辽金史等为优势特色的黑龙江历史文化研究学科群，拥有3个省领军人才梯队（省级重点学科）。全所现有20人，其中研究员6名，硕士生导师6名，博士及在读博士6名。研究所与国内以及日、俄、韩、朝的学术机构和学者建立和保持着密切的联系。从1979年起，该所在国家计划内招收培养东北史专业硕士研究生。
        建所以来，历史所一代代学者，薪火相传，担当使命，以丰厚的研究成果，为维护国家边疆安全、建设繁荣地方文化，提供了重要的学术支撑。先后承担国家社科基金项目14个，国家东北边疆历史与现状系列研究工程项目7个，东北三省联合攻关和省社科规划项目17个；出版学术专著、译著85余部，比较厚重的如《东北流人史》、《中国流人史》、《渤海国史》、《北方民族史研究》、《历史文献补编—17世纪中俄关系文件选译》、《黑龙江疆域历史与现状问题研究》、黑龙江流寓文化与旅游文化丛书、《黑龙江开发史》、《19世纪中叶前的中俄文化关系史》、《中苏经济贸易史》、日本侵华新罪证系列丛书、《中国东北沦陷十四年史纲要》、《东北沦陷时期殖民地形态研究》等，获省社科优秀成果二等奖以上重要奖项17个；涌现出诸如开创中俄关系史学科、著译作达46部(56册)、荣获俄中友谊功勋章和俄罗斯科学院远东研究所荣誉博士称号、龙江文化建设终身成就奖获得者、著名翻译家郝建恒，开创中国流人史与流人文化学科、国家级突出贡献专家、省文史馆馆员、龙江文化建设终身成就奖获得者李兴盛，著名的日本侵华史和中国抗战史研究专家、后调任中国社科院近现代史研究所所长的步平，以及魏国忠、孟光耀、郭蕴深、辛培林、张宗海、宿丰林、王希亮、张凤鸣、郭素美等享誉学界的老研究员，高晓燕、车霁虹、李随安、梁玉多等正担当重任的中年研究骨干，一批青年博士、硕士也正承接文脉、快速成长。
        目前，作为黑龙江历史文化研究工程编委会的办公室，历史所一方面承担“工程”的组织管理和服务协调工作，与院内外、省内外的高校、科研机构密切协作，共创大业；同时在“工程”科研中也担当主力，负责《黑龙江通史》十卷中的3卷编撰任务以及相关的专题研究和资料整理。全所以实施“工程”为契机，致力实现学科建设、精品成果建设、人才梯队建设的新跨越。