应用经济研究所成立于1994年。现有研究人员9人。拥有产业经济学和县域经济学2个省级重点学科。近年来，应用经济所紧紧围绕黑龙江省经济热点问题进行应用对策研究，在产业经济学、区域经济学（县域经济学）、环境经济学等方面，推出了一批服务经济社会发展的应用对策研究成果，产生了良好的社会效益和经济效益。连续四年被评为黑龙江省社会科学院先进集体。